La guarigione è purtroppo meno probabile quando l’epilessia è “secondaria”, cioè è il sintomo di una malattia cerebrale stabilizzata o progressiva, come un danno cerebrale provocato da trauma cranico, ictus, meningo-encefalite, malformazioni congenite dell’encefalo o ancora da tumore cerebrale.
In queste circostanze, i farmaci possono aiutare tenere sotto controllo le crisi epilettiche, anche se spesso è necessario cambiare o aggiungere nuovi medicinali per ottenere una risposta soddisfacente. Nei casi più gravi, purtroppo, le crisi possono continuare in presentarsi nonostante l’uso di due o più farmaci antiepilettici (epilessie refrattarie). Alcune di queste epilessie refrattarie possono giovarsi (e persino guarire) in seguito alla terapia chirurgica, con la quale viene rimosso il “focolaio epilettogeno”, cioè la zona del cervello da cui partono le crisi.
Infine, diversi pazienti possono soffrire di un’epilessia la cui causa rimane sconosciuta (epilessie “criptogenetiche”). In questi casi, è molto difficile formulare una prognosi all'esordio della malattia: alcuni pazienti infatti risponderanno molto bene ai farmaci (e ci sono casi in cui la terapia si può sospendere dopo alcuni anni), mentre altre continuano ad avere crisi nonostante le migliori terapie.